如何利用PubReMiner进行科研初步选题

EndNote 2021-11-17 11:59:42

前面我们介绍过利用 PubReMiner 汇总分析 PubMed 查询结果提高查询效率和PubReMiner 一般使用方法和常见问题，从中我们知道 PubReMiner 的用处很大，其中就可以利用 PubReMiner 进行科研的初步选题，这对于处在彷徨阶段的研究生来说不无帮助。

对于研究生来说，如果以前没有做过科研，老板有课题还好说，接着前面的师兄和师姐往下做就可以了，基本上不用费什么劲找什么课题。但是有的导师可能没有课题，或者有新的研究思路方向，突然有一天给你说，你去看看有关某某的研究。此时就需要自己找课题了，如何下手，如何进行选题？@孟召伟等人的医学研究生SCI论文选题撰写及投稿一文对此曾有论述，可以从临床和病例中进行选题，也可以从基础研究选题。这次要说是的，如何利用 PubReMiner 进行科研选题。

粗略搜索

首先要根据导师的意愿在 PubMed 中进行粗略的搜索。

比如老板的现在甩给你一句话，你去看看银屑病临床方面的研究。临床研究太多了，从病因，发病机制，到治疗预后都有研究的地方。甚至其中一个小小的点就可能有无数的研究在进行。

因此，要先在 PubMed 中进行一下粗略的搜索，看看当前有多少研究，并且可以把检索式保存下来，这样可以将来在 PubReMiner 中进行分析。

好了，那就去 PubMed 吧，打开网址 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed，记住不要一般搜索，要进行高级搜索。如果一般搜索的话，出来的文献太多。选择「Advaced」打开高级搜索选项。

为了让搜索更加准确一些，我们现在根据老板的意思，先使用关键词「psoriasis」和「clinical」进行搜索，范围界定在题目和摘要中。

利用PubReMiner进行科研初步选题

最后检索式：(psoriasis[Title/Abstract]) AND clinical[Title/Abstract]，进行搜索一下看看，查询到了 6830 篇文献。

注意：因为 PubReMiner 一次性最多能处理 1 万篇的文献，如果在 PubMed 中查询到的文献多于 1 万篇，要不断缩小检索范围，只到最后得到的结果是 1 万篇以下。

结果筛选

把上面得到的检索式在 PubReMiner 中进行筛选。进入 PubReMiner 的网址：http://hgserver2.amc.nl/cgi-bin/miner/miner2.cgi，在检索框中输入刚得到的检索式，然后点击「Start PubReMiner」进行搜索。

注意：因为在 PubMed 中检索到的文献是不到 7000 篇，因此要把「Abstract Limit」选择 10000 才可以。

PubReMiner 会对检索结果进行筛选，最后以表格的形式展示出来。一般包括「Year」「Journal」「Author」「word」「Mesh」「Substance」和「Publication type」这几项。

前面几项可以先不看，在选题的时候用不着，最主要是看「Substance」这一项。

利用PubReMiner进行科研初步选题

从这个表格中我们看出，关于银屑病临床方面研究最多的是单克隆抗体，其中又以肿瘤坏死因子（Tumor Necrosis Factor）及其受体为研究热点。

此时我们就需要考虑一下了，是做一个什么样的研究？还要与当地情况相结合。肿瘤坏死因子是挺好，大家都在研究，如果当地根本就没有肿瘤坏死因子这种药物，还研究个屁啊。毕竟现在肿瘤坏死因子的药物在国内还是很高端的药物，一般地方都没有。因此对肿瘤坏死因子的研究可以不予考虑。当然如果当地有这个药物，可以选择这样的研究，或者就想研究一些基础的东西，也可以。或者老板有更明确的指示，我就要研究肿瘤坏死因子，那也行。

不过我想大部分研究生都是以毕业为前提的，搞一个很难的课题可能把自己搭进去。我个人认为，研究生就是培养一种思维和方法的过程，尤其是硕士，学会一种方法比单纯死板的进行步骤操作更重要，那是技术员要搞的活。而且可能做了很长时间，都不会比技术员做的好。因此，如果是研究生，可能考虑一些相对简单容易完成的课题。当然如果你有宏伟志向，我也没有话说，就当我前面是放屁了。

根据实际情况，我认为选择「Methotrexate」可能比较合适。氨甲喋呤用于治疗银屑病很长时间了，但是这个药物有副作用。而且现在银屑病的治疗多认为不要使用太强效的药物，因此这个药用与不用争议还是有的。并且国外都发展到单克隆抗体的治疗研究了，在国内氨甲喋呤还是有市场的。所以现在以「Methotrexate」为例进行研究。

此时可以直接点击「Methotrexate」，这样就把「Methotrexate」作为主要关键检索词了。

利用PubReMiner进行科研初步选题

当然还可以再筛选一下，最后点击「Methotrexate」，这样会更准确一些。因为这样就删除了一些多余的信息，如不想看某些杂志的文章，不想看某些类型的文章等等。

如果再想加上一些条件，例如在「Substance」中选中「Methotrexate」，再加上一些条件，在「Publication type」我只想看看有关对照性的研究，不想看什么病例报道或者 Letter 之类的文章。那就在「Publication type」中选中「Journal Article」「Review」「Clinical Trial」「Randomized Controlled Trial」等等选项。

注意一个表格下的所有行选中时在检索时采用的是「OR」。而不同表格之间选中时可以根据条件进行选择，一般默认的是「AND」，这个要取决于最上方的选项「Operator」

利用PubReMiner进行科研初步选题

选中之后「Search Again」进一步筛选相关文献。不断的进行筛选文献，最后再点击关键词「Methotrexate」，得到 252 篇文献。

此时得到的了一个新的检索式

(PSORIASIS[TITLE/ABSTRACT]) AND CLINICAL[TITLE/ABSTRACT] AND (CLINICAL TRIAL OR CLINICAL TRIAL, PHASE II OR CONTROLLED CLINICAL TRIAL OR EVALUATION STUDIES OR JOURNAL ARTICLE OR MULTICENTER STUDY OR METHOTREXATE OR RANDOMIZED CONTROLLED TRIAL OR REVIEW) AND ("METHOTREXATE"[SUBSTANCE NAME]) AND ("METHOTREXATE"[SUBSTANCE NAME]) AND ("METHOTREXATE"[SUBSTANCE NAME])

查看相关文献

然后选择「Goto PubMed with query」按钮，回到 PubMed 查看相关的文献。这样最后的检索结果会更符合自己的需要。

可以看看别人是如何研究的，是如何进行实验设计的。

其实研究也没有看上去那么难，很多童鞋遇到的最大的问题是一看这个人家研究过了，一看那个又有人研究了。最后觉着啥都有人研究了，没自己的事了。

其实事实情况并非如此，事实上同一研究还是有很多人在研究，而且有很多是相似性的研究。有的研究是不完善的，我们可以进行完善。有的研究是有缺陷的，我们可以进行补充。有的研究是区域性的，我们可以推广到当地。有的研究是用老鼠，你可以换成兔子。一个研究，换了其中一个小小的方法可能就是一种新的研究。

还是那句话，研究生是学习方法和思维的过程，完全的创新也牛人，但是大部人最后能学会一种方法和思维，比单纯的机械的操作实验更重要。

因此，在 PubMed 查看相关文献的时候，要对某些感兴趣的东西精读，多和导师商量，多讨论，最后肯定会找到一个研究课题的。

注意

如果文献过多，PubReMiner 处理起来会很慢，请耐心等待，或者增加关键词缩小检索结果
每一列下面的单词是根据检索条件出现的次数，如「Methotrexate」前面的「235」是指「Methotrexate」在检索条件题目和摘要中出现了 235 次。
PubReMiner 只是一个工具，不能完全代替人工。如果利用 PubReMiner 进行课题设计，最后的文献还需要人工干预。PubReMiner 存在的意义只是让筛选更方便一些，更直观一些。
可以自定义显示部分表格，这样加载起来就快些了，如可以不显示作者，发表年代，发表期刊等等。自定义方法在右上角的「columns to display」，取消选中某些选项，然后再「Search with Manual Adjustment」即可。
某些时候可能 PubReMiner 存在不可访问的情况，推荐锐壳的SSH